De geschiedenis van Ex Libris start wanneer Dianne van Giersbergen en Joost van de Pas elkaar ontmoeten. Beide zijn erg geintresseerd in het samenbrengen van klassieke muziek met progressieve metal. In de jaren die volgen voegen Paul van de Broek, Bram van Breugel, Eva Albers en Koen Stam zich bij de band. Met deze bezetting word de eerste demo "Drawn" opgenomen.

In de jaren die volgen word de muziek groter en zwaarder. De demo doet niet langer eer aan het geluid van de band en er word besloten om het eerste studio album "Amygdala" op te nemen. Tijdens deze opnamens voegt Peter den Bakker zich bij de band als nieuwe bassist.